Приложение 9 и раздел 3 никак между собой не увязаны. В приложении 9 оставляете все, как было в первичном (или 1с его тоже зачищает при выключении раздела 3?). Если есть возможность отключения авторасчета в уточненном разделе 1, то надо это сделать до того, как отключите ненужных для корректировки сотрудников. Если нет такой возможности, то поправить суммы в разделе 1 вручную . Если программа не дает этого сделать, то нарушается порядок заполнения расчета
Цитата: В уточненный расчет подлежат включению те разделы расчета и приложения к ним, которые ранее были представлены плательщиком в налоговый орган(за исключением раздела 3 «Персонифицированные сведения о застрахованных лицах»), с учетом внесенных в них изменений, а также иные разделы расчета и приложения к ним, в случае внесения в них изменений (дополнений).В уточненный расчет подлежит включению раздел 3 «Персонифицированные сведения о застрахованных лицах» в отношении тех физических лиц, в отношении которых производятся изменения (дополнения).
который в свою очередь основан на нормах Налогового кодекса
Цитата: ...Уточненный расчет, представляемый налоговым агентом в налоговый орган,должен содержать данные только в отношении тех налогоплательщиков, в отношении которых обнаружены факты неотражения или неполноты отражения сведений, а также ошибки, приводящие к занижению суммы налога.7. Правила, предусмотренные настоящей статьей, применяются также в отношении уточненных расчетов сборов, страховых взносов и распространяются на плательщиков сборов, плательщиков страховых взносов.